Am "Pfintztag nach Gregorientag" (14. März) 1486 wurde zum ersten Male die Gründung einer Apotheke im Heiliggeistspital erwogen. Die Nürnberger Bürger Hans Gartner der Ältere, Sebald Schreyer und Hans Ingram sowie der Bamberger Bürger Hans Münzmeister hatten als Testamentsvollstrecker des zwei Jahre zuvor verstorbenen Nürnberger Bürgers Georg Keyper eine eigene Stiftung zur Bestallung eines Spitalarztes am Heiliggeistspital gebildet. Nach Vermehrung der eher bescheidenen Stiftungsmittel "in kunftigen zeiten" war zudem die Anstellung eines Wundarztes vorgesehen, und bei weiterer günstiger Entwicklung der Stiftungsmasse sollte im Spital eine Apotheke mit einem eigenen Pharmazeuten eingerichtet werden. Dieser Hinweis auf ein Projekt "Heiliggeistapotheke" kann mit Fug und Recht als älteste Nennung gedeutet werden, nicht jedoch - wie die Literatur seit dem Ende des 18. Jahrhunderts rezipiert als Datum ihrer Gründung. Denn hierzu waren Georg Keypers Testamentsvollstrecker 1486 finanziell Überhaupt nicht in der Lage.

Bis 1497 konnte der Plan zur Errichtung einer Apotheke im Heiliggeistspital nicht realisiert werden. Jedoch wurde am 26. August dieses Jahres der Gedanke wieder aufgegriffen: Der Rat der Stadt ließ sich von Hans Berckmeyster, Apotheker beim Dominikanerkloster, als einem zuständigen Fachmann ein Gutachten erstellen, wie am besten eine pharmazeutische Anstalt im Heiliggeistspital einzurichten und zu besetzen sei.

Es dauerte aber noch fast ein Jahr, bis die Idee verwirklicht wurde. Die alte Stiftungsmasse von 1486 erwies sich dabei als finanziell so unzulänglich, dass der Rat der Stadt laut einem Beschluss vom 8. Mai 1498 das Vorhaben mit einem Vorschuss von 500 Gulden aus den öffentlichen Kassen subventionieren musste.

Schon vorher, am 1. Mai desselben Jahres, war mit Michel von Speyer der erste Apothekergeselle im Heiliggeistspital auf fünf Jahre verpflichtet worden, auch ein Indiz dafür, dass die Apotheke nun ihren Betrieb aufnahm. Ebenfalls spricht für diese Tatsache ein Betrag von 9 Pfund 28 Pfennigen, ausgegeben für sechs Taglöhne, wie aus den Rechnungen des Heiliggeistspitals unter dem Datum "sabato post Petri et Pauli" (30. Juni) 1498 ersichtlich ist, die für Baumaßnahmen an einem für die Apotheke vorgesehenen Gewölbe abgerechnet wurden.

Die Apotheke zum Heiligen Geist in Nürnberg versorgte vornehmlich und anfangs wohl ausschließlich die Spitalinsassen. Es musste jedoch im Bestreben eines jeden Provisors oder Apothekers liegen, von der vorrangigen Versorgung des Spitals weg zu eigenem Geschäftsgebahren zu kommen. Dies konnte aber erst vollständig gelingen, als die Stadt bereit war, die Heiliggeistapotheke zu privatisieren.

Schon 1609, im Vorfeld des Dreißigjährigen Krieges, hatte der Pharmazeut Georg Mayer versucht, seine nicht sehr glückliche finanzielle und private Lage im Einverständnis mit dem Heiliggeistpfleger Christoph Fürer aufzubessern. Sein jährliches Gehalt betrug damals 32 Gulden, der Spitalapotheker musste unverheiratet sein, hatte aber freie Kost und Logis im Spital. Er speiste zusammen mit dem Kornschreiber und dem Oberreiter am Tisch des Spitalmeisters.

Georg Mayer wollte sich nun nach zehn Jahren Dienstzeit als Spitalapotheker verheiraten und forderte unter Verzicht auf freie Speisung eine Gehaltserhöhung auf 150 Gulden. Dies wurde ihm aber seitens des Rats der Stadt ebenso abgelehnt wie sein Gesuch um einen Neubau der Spitalapotheke.

Derselbe Spitalpfleger Christoph Fürer verkaufte am 17. April 1635 dem damaligen Apotheker Georg Strauch alle in der Apotheke vorhandenen Materialien und Medikamente um 3228 Gulden 4¹/₄ Kreuzer. Die Mobilien, Kessel und andere Geräte wurden Strauch nur leihweise überlassen. Diese Privatisierung der Spitalapotheke muss eng im Zusammenhang mit der finanziellen Notlage der Stadt Nürnberg in damaliger Zeit gesehen werden: Die Pressionen der schwedischen Einquartierung seit 1632 und die Verwicklung in die kriegerischen Ereignisse der Folgezeit belasteten die Stadt und den Stadtsäckel so stark, dass jede Summe willkommen war, um die finanzielle Not zu lindern.

Über mehrere Familien, von denen nur die Beurer 1710-1754 und die Lindner 1766-1801 sie einige Generationen hinweg ihr eigen nannten, gelangte die Spitalapotheke 1856 an die Familie Eckart.

Am 27. Februar 1856 suchte der Emskirchner Pharmazeut Carl Ludwig Ernst Eckart beim Magistrat der Stadt Nürnberg um Aufnahme als Spitalapotheker nach. Er hatte im selben Jahr zusammen mit dem bisherigen Geschäftsführer der Heiliggeistapotheke, Adolph Rosenhauer, das Unternehmen um 68000 Gulden gekauft.

Nach dem Ausscheiden Rosenhauers firmiert Carl Ludwig Eckart 1858 als alleiniger Inhaber.

Heute leitet die fünfte Generation jener aus Emskirchen stammenden Apothekerfamilie Eckart die Nürnberger Apotheke zum Heiligen Geist.